醫王殿は、表参道坂上の薬師堂（旧本堂で明暦元年建立、安政2年現在地に移設）に安置されてきた薬師三尊などの御尊像を奉安し、参拝の容易な御堂として建立されました。建物は、和様を基調にして架構技法や細部意匠に禅宗様式を摂取した折衷様式で、桁行三間、梁間三間の身舎の四面に一間の庇を廻らす一重宝形造で、正面に軒唐破風付の三間向拝を付し、屋根は本瓦葺で、頂部に純金箔押の宝珠路盤を据えています。当堂は二重基壇上に建つが、堂内床を花崗岩四半敷きの土間形式としてスロープを設ける等バリアフリー化を図っています。堂内の平面構成は内陣、両脇陣と外陣からなり、外陣では大虹梁を架渡し、身舎前柱をすべてなくしています。